La surveillance génomique élucide la transmission persistante du poliovirus sauvage au cours – dans les principales zones de réservoir du Pakistan

Contexte Malgré des efforts considérables dans la lutte contre la poliomyélite, le Pakistan a la plus forte proportion de cas de poliomyélite parmi les pays endémiques, y compris l’Afghanistan et le Nigéria. Pour mieux comprendre la situation épidémiologique actuelle, nous avons analysé les données virologiques des souches de poliovirus sauvages de type poliovirus détectées au Pakistan au cours de: -Résultats Cinq groupes génétiques A-E ont été identifiés avec au moins% de divergence nucléotidique dans la protéine virale La région codante de VP Peshawar, Quetta et Karachi se sont révélées être les principaux foyers endémiques où plusieurs lignées génétiques discrètes du PVS ont été détectées. L’analyse phylogénétique suggère que les souches de poliovirus sauvages des régions endémiques étaient génétiquement distantes de% -% VP divergence nucléotidique Les lignées orphelines détectées à Rawalpindi, Lahore, Hyderabad, Sukkur et Jacobabad ont révélé une transmission silencieuse et la nécessité d’une surveillance vigilante. Subsistance des populations analogues détectées dans les cas du Nord-Waziristan. Conclusions Nos constatations ne concordent pas avec l’hypothèse selon laquelle les populations appauvries du Nord-Waziristan pourraient être un facteur déterminant de l’infection généralisée par la poliomyélite au Pakistan et souligner davantage la nécessité d’une intensification de l’épidémie de poliomyélite au Pakistan. la surveillance clinique et environnementale ainsi que les activités de vaccination

L’Initiative mondiale pour l’éradication du poliovirus L’IMEP repose principalement sur l’immunisation optimale des enfants par le vaccin antipoliomyélitique oral ou inactivé grâce à des campagnes de vaccination systématique et supplémentaire. Les efforts considérables déployés par l’IMEP ont conduit à l’éradication du poliovirus dans le monde sauf dans les pays endémiques – Pakistan, Afghanistan et Nigéria Des progrès remarquables ont été réalisés au Pakistan en termes d’incidence nettement réduite et marginalisée de la poliomyélite paralytique, localisée dans quelques communautés de réservoirs persistantes depuis la création Considéré comme un bloc épidémiologique unique, le Pakistan et l’Afghanistan posent des défis majeurs au programme de l’IMEP, en phase finale, en raison d’une transmission confirmée et incontrôlée à travers les frontières de ces pays. En mai, on a signalé une poliomyélite paralytique cas à travers le monde Pakistan, n =; Afghanistan n = Les approches multifocales pour contrôler la transmission du poliovirus dans les régions endémiques vont de l’utilisation du vaccin monovalent contre le poliovirus oral et du vaccin antipoliomyélitique oral monovalent, à l’introduction de campagnes à doses courtes dans les zones à haut risque et à la surveillance environnementale. En dépit de ces efforts, le Pakistan continue de supporter le plus lourd fardeau des cas de poliomyélite dans les pays endémiques. Le Pakistan a signalé le plus grand nombre de cas de poliovirus sauvage n =, avec% de cas signalés au Nord-Waziristan et aux tribus voisines administrées par le gouvernement fédéral. Pour mieux comprendre la situation épidémiologique actuelle de la poliomyélite au Pakistan, nous décrivons ici une analyse complète des données virologiques générées au cours de – Cette analyse détermine l’étendue de l’émergence et de la propagation du PVS et son impact sur les efforts d’éradication. à ce jour, les données moléculaires ont été générées La série de données a été compilée pour inclure les souches contemporaines du PVS à partir du mois de mai détectées à partir de cas de paralysie flasque aiguë de la PFA, ainsi que des eaux usées. Comme les efforts d’éradication de la poliomyélite se concentrent sur des zones clés, les connaissances phylogéographiques seront importantes pour identifier les sources persistantes afin d’évaluer la variation régionale. Il est important de noter que la transmission du poliovirus au Pakistan est principalement motivée par la mobilité incontrôlée des populations infectées des zones endémiques. Récemment, les personnes déplacées à l’intérieur du Waziristan du Nord ont été déclarées responsables de la transmission du virus. pour l’épidémie et le report généralisé du PVS dans le pays; suite aux opérations militaires, les personnes déplacées se sont déplacées vers les zones voisines Bien que les preuves précises de cette hypothèse soient limitées, nous pensons que nos résultats aident à élucider les modes de transmission du poliovirus et aident à identifier les déterminants de la propagation et de la persistance du PVS.

MATÉRIAUX ET MÉTHODES

Des échantillons de selles d’enfants âge & lt; Les cas rapportés avec l’AFP ou leurs contacts sains ont été collectés dans tout le Pakistan selon les directives standard de surveillance nationale active en laboratoire pour la PFA. Dans le cas des patients cliniques, des échantillons de selles ont été prélevés dans les jours suivant l’apparition de la paralysie. Afin de maximiser les chances de récupération du virus, un total de spécimens provenant de cas paralytiques ont été collectés de janvier à mai dans toutes les provinces du Pakistan. Pendant -, la collecte des échantillons ENV s’est poursuivie dans les zones suivantes: Lahore, Multan, Faisalabad, Province de Rawalpindi Punjab, Karachi, Sukkur, Hyderabad et Jacobabad Province de Sindh, Peshawar, Province de Dera Ismail Khan Khyber Pakhtunkhwa, Quetta, province de Killa Abdullah Balochistan et Islamabad la capitale fédéraleTous les échantillons ont été livrés au Laboratoire régional de référence pour l’éradication de la poliomyélite. Virologie, Institut national de la santé, Islamabad, Pakistan, w Les échantillons ont été traités pour l’isolement et la caractérisation du virus conformément au protocole recommandé par l’Organisation mondiale de la santé. En bref, les selles ont été extraites avec du chloroforme et le surnageant clarifié a été inoculé sur des cellules L de souris LB génétiquement modifiées pour induire les récepteurs du poliovirus. Le traitement des échantillons ENV comprenait les procédures de concentration virale en utilisant la séparation par phases avec du polyéthylène glycol et du dextran comme décrit précédemment monocouches fraîches de LB et de Les cellules RD ont été inoculées avec des mL de concentré de virus purifié dans une fiole -cm contenant un minimum de milieu essentiel avec% de sérum fœtal bovin selon les directives du manuel de laboratoire de poliovirus pour la surveillance environnementale tubes et flacons inoculés ont été observés quotidiennement pour l’apparition d’effet cytopathique pour un maximum de jours des cultures de lignées cellulaires LB ou RD ont été référées pour l’identification du poliovirus et la différenciation intratypique en vaccin ou type sauvage par réaction en chaîne de la polymérase en temps réel transcriptase inverse selon des méthodes établies Les échantillons positifs pour le poliovirus sauvage ont été caractérisés par le séquençage génomique Région codante VP Pour une présentation efficace de l’analyse phylogénétique, l’ensemble de données a été compilé avec l’inclusion de souches ancestrales représentatives. Ceci a été réalisé en incluant uniquement les souches de PVS ayant la parenté génétique la plus proche avec les isolats. pour déduire la parenté génétique parmi les isolats de poliovirus provenant à la fois des cas de PFA et des échantillons ENV. L’analyse phylogénétique a été réalisée à l’aide du logiciel Molecular Evolutionary Genetic Analysis, version

RÉSULTATS

Cas de poliomyélite étudiés pendant –

De janvier à mai, des échantillons représentant des cas cliniques d’AFP et des échantillons ENV ont été testés par AFP et surveillance environnementale. Les échantillons de l’AFP ont été positifs avec isolement des entérovirus dans au moins les spécimens collectés leucémie. poliovirus,% ont été confirmés comme type Sabin et% ont été confirmés comme type de poliovirus sauvage La distribution mensuelle du nombre total d’échantillons AFP avec leurs résultats est montrée dans le tableau des échantillons ENV, les virus vaccinaux de type Sabin ont été trouvés, et échantillons Type de poliovirus sauvage contenu Les échantillons de dix échantillons contenaient des poliovirus dérivés de vaccins, avec des échantillons contenant un mélange de poliovirus sauvages et de poliovirus dérivés de vaccins; les échantillons étaient positifs pour les entérovirus non polio voir le tableau

Tableau Mois Distribution mensuelle des échantillons de patients atteints de paralysie flasque aiguë reçus pour le dépistage du poliovirus à l’Institut régional de référence pour l’éradication de la poliomyélite, Institut national de la santé, Islamabad, Pakistan, janvier à mai Année Nombre total de cas de PFA Cas de contacts sains Nombre total de cas AFP SC avec des virus semblables à Sabin, nombre total de cas AFP HC avec virus PVS, nombre total d’échantillons AFP HC avec NPEV, nombre pourcentage nombre pourcentage nombre Pourcentage janvier février mars avril mai juin juillet août septembre octobre Novembre Décembre Total%%% Janvier Février Mars Avril Mai Juin Juillet Août Sept Octobre Octobre Novembre Décembre Total%%% Janvier Février Mars Avril Mai Total%%% Total – Année Mois Total Nombre de cas de PFA Speciemen Total Nombre de cas de contacts sains Total Nombre de cas AFP HC avec virus Sabin, Total Nombre de cas AFP HC Avec les virus du PVS, Nombre total d’échantillons AFP HC Avec NPEV, Nombre Pourcentage Nombre Pourcentage Nombre Pourcentage Janvier Février Mars Avril Mai Juin Juillet Août Septembre Octobre Novembre Décembre Total%% Janvier Janvier Février Mars Avril Mai Juin Juillet Août st Septembre Octobre Novembre Décembre Total%%% Janvier Février Mars Avril Mai Total%%% Total – Le nombre d’échantillons positifs pour le poliovirus type Sabin, le type de poliovirus sauvage et les entérovirus non poliomyélitiques sont indiqués Cas de contacts sains dont l’indice de PFA est positif sont exclus du total des abréviations: AFP, paralysie flasque aiguë; HC, cas de contact sain; NPEV, enterovirus non-polio; PVS, type de poliovirus sauvage View Large

Karachi Gadaap: Sohrab Goth n = Sindh Karachi Gadaap: Site composite n = Sindh Site fermé Karachi Gadaap: Goth Khamiso n = Sindh Karachi Gadaap: Colonie de Machhar n = Sindh Karachi Baldia: Goth Sajjan n = Sindh Karachi Baldia: Site composite n = Sindh Station de pompage de Tulsidas, Hyderabad n = Sindh Sukkur: station de pompage de Miani n = Sindh Sukkur: station de pompage de Makka n = Sindh Lahore: station de pompage Gulshan-e-Ravi n = Punjab Lahore: station d’évacuation routière Multan n = Punjab -F n = Punjab Lahore: Station de décharge principale-G n = Punjab Lahore: Station de décharge principale – H n = Punjab Rawalpindi: Safdar Abad n = Punjab Multan: Suraj Miani n = Punjab Multan: Ville Ali n = Punjab Multan: Kotla Abdul Fatah n = Punjab Faisalabad: station de pompage – Punjab Faisalabad: pompage station- n = Punjab Faisalabad: Station de pompage de la route d’Ismail – Punjab Peshawar: Ville de Shaheen n = KPK Peshawar: Lara Ma n = KPK Quetta: Jam-e-Salfia n = Baluchistan Quetta: Jatak Killi & amp; Takh Thani par passe n = Baloutchistan Quetta: Sur Pul n = Balouchistan Islamabad: Sabzi Mandi, In = Fédéral Non initié dans la station de pompage Jacobabad-Sadar n = Sindh Rawalpindi: Dhoke Dallal n = Punjab DIKHAN: Bus Stand Drain n = KPK DIKHAN: MODC Vidange n = KPK DIKHAN: Sherpao Basti Vidange n = KPK DIKHAN: Zafar Abad Vidange n = KPK Killah Abdullah: Armée Kaziba n = Balouchistan Killah Abdullah: Hadi Paquet n = Baloutchistan Peshawar: Naray Khwar Zinday, Musazai n = KPK Pas initié dans Total des échantillons – = =%%%%%%%%%%%%%% Échantillon Aucun er Site de prélèvement des échantillons Province: Nombre d’échantillons positifs: Nombre d’échantillons positifs: Nombre d’échantillons positifs Nombre d’échantillons collectés pendant, et NPEV Vaccin WPV WPV VDPV NPEV VDPV Vaccin WPV WPV VDPV NPEV VDPV Vaccin WPV WPV VDPV Karachi Gulshan-e- Iqbal: Route de Rashid Minhas n = Sindh Karachi Gulshan-e-Iqbal: Chakora Nulla n = Sindh Karachi Gadaap: Goth Sohrab n = Sindh Karachi Gadaap: Site composite n = Sindh Site fermé Karachi Gadaap: Khamiso Goth n = Sindh Karachi Gadaap: Machhar Colonie n = Sindh Karachi Baldia: Goth Sajjan n = Sindh Karachi Baldia: Site composite n = Station de pompage de Sindh Tulsidas, Hyderabad n = Sindh Sukkur: Pompe de Miani Station n = Sindh Sukkur: Station de pompage de Makka n = Sindh Lahore: Station de pompage de Gulshan-e-Ravi n = Punjab Lahore: Station d’élimination routière de Multan n = Punjab Lahore: Station d’évacuation principale -F n = Punjab Lahore: Station d’évacuation principale- G n = Punjab Lahore: Emissaire principal – H n = Punjab Rawalpindi: Safdar Abad n = Punjab Multan: Suraj Miani n = Punjab Multan: Ville d’Ali n = Punjab Multan: Kotla Abdul Fatah n = Punjab Faisalabad: Station de pompage – n = Punjab Faisalabad: station de pompage- n = Punjab Faisalabad: Pompage de la route d’Ismail Station = Punjab Peshawar: Ville de Shaheen n = KPK Peshawar: Lara Ma n = KPK Quetta: Jam-e-Salfia n = Baluchistan Quetta: Jatak Killi & amp; Takh Thani par passe n = Baloutchistan Quetta: Sur Pul n = Balouchistan Islamabad: Sabzi Mandi, In = Fédéral Non initié dans la station de pompage Jacobabad-Sadar n = Sindh Rawalpindi: Dhoke Dallal n = Punjab DIKHAN: Bus Stand Drain n = KPK DIKHAN: MODC Vidange n = KPK DIKHAN: Sherpao Basti Vidange n = KPK DIKHAN: Zafar Abad Vidange n = KPK Killah Abdullah: Armée Kaziba n = Balouchistan Killah Abdullah: Hadi Paquet n = Baloutchistan Peshawar: Naray Khwar Zinday, Musazai n = KPK Pas initié dans Total des échantillons – = =%%%%%%%%%%%%%% Abréviations: DIKHAN, Dera Ismail Khan; KPK, Khyber Pakhtunkhwa; NPEV, enterovirus non-polio; PVDV, poliovirus dérivé du vaccin; vaccin, poliovirus analogue à Sabin; PVS, type de poliovirus sauvage View Large

Analyse phylogénétique et grappes génétiques

L’analyse génétique des souches de PVS récupérées à la fois des systèmes de surveillance AFP et ENV a révélé une diversité génétique suffisante pour regrouper ces isolats en groupes majeurs A-E avec ≥% de diversité nucléotidique dans la région codante VP. Les lignées détectées à ce jour ont connu une circulation ininterrompue pendant, principalement à Karachi, Peshawar et Quetta. Figure supplémentaire La lignée du groupe A a été détectée dans des échantillons ENV de Rawalpindi et a été trouvée dans la province de Nangarhar en Afghanistan. AFG- et AFG- et à Peshawar PAK-ENVE et PAK- en janvier Le groupe génétique B a montré une distribution étendue dans toutes les provinces du Pakistan ainsi que dans les zones frontalières de l’Afghanistan Il y avait des lignées B-B distinctes dans cette grappe avec une infection persistante au cours des années – La parenté phylogénétique des souches du PVS indique une circulation indépendante des lignées; B est restée confinée au Waziristan du Nord et ses districts voisins du Sud-Waziristan PAK- et Tank PAK- Infection avec la lignée B était extrêmement répandue, infectant de nombreux enfants au Pakistan Quetta, Killa Abdullah et Karachi ainsi que l’Afghanistan Nangarhar et Kunar Les lignées de virus de la lignée B représentaient largement la circulation locale à Khyber et à Peshawar. Toutes ces lignées B-B sont toujours actives, avec des infections principalement signalées à Peshawar, Karachi et Jacobabad. et Killa Abdullah où la majorité des souches ont été détectées grâce à la surveillance ENV La lignée Karachi PAK-ENVE est restée constamment active, avec détection dans les échantillons ENV collectés dans les bassins versants de Killa Abdullah PAK-ENVEMost des souches du groupe D surveillance à Peshawar PAK-ENVRD, à Karachi PAK-ENVE, à PAK-ENVE et à PAK-EN VE, Hyderabad PAK-ENVE et PAK-ENVE, Quetta PAK-ENVE et Sukkur PAK-ENVE, sans cas clinique dans ces régions. La circulation du groupe E est restée limitée à la province de Sindh, avec détection dans les échantillons ENV collectés à Jacobabad PAK-ENVE et PAK-ENVE et Sukkur PAK-ENVE et PAK-ENVE

Souches de poliovirus sauvage identifiées grâce à la surveillance environnementale

Remarquablement, dans presque toutes les voies de transmission actives, les souches du PVS ont d’abord été détectées dans des échantillons ENV mais restées non détectées ou non détectées dans la population desservie par les zones de captage respectives jusqu’à très tard. retour à PAK-ENVE-Quetta et plus tard trouvé dans plusieurs échantillons environnementaux de Sukkur PAK-ENVE et PAK-ENVRD et Jacobabad PAK-ENVE et PAK-ENVE; cependant, aucun cas de paralysie du PVS n’a été signalé dans cette région puisque la lignée du groupe D est apparue dans Peshawar PAK-ENVRD et a ensuite été détectée de façon persistante dans des échantillons ENV collectés à Karachi PAK-ENVE, PAK-ENVE, PAK-ENVE et PAK -ENF, mais aucun cas d’AFP avec PVS de cette lignée n’a été trouvé à ce jour Sous le groupe C, la lignée PVS provenait de l’isolat PAK-ENVE collecté à Karachi et restait détecté dans les échantillons d’eaux usées pendant des mois sans aucun cas clinique. la même lignée a été trouvée dans plusieurs échantillons ENV collectés à Quetta et Killa Abdullah pendant et de même, les lignées de groupe B ont été trouvées dans des échantillons d’eaux usées collectés à partir de plusieurs sites, y compris Rawakindi PAK-ENVE, PAK-ENVE, PAK-ENVRD et PAK-ENVE , Islamabad PAK-ENVRD, et Jacobabad PAK-ENVE, PAK-ENVE, et PAK-ENVRD, mais aucun cas de PVS lié aux cas de PFA dans ces districts n’a été signalé à ce jour

Figure View largeTélécharger la carte géographique du Pakistan montrant la localisation des villes avec surveillance environnementale active ENV en A et B où l’échantillon d’eaux usées est collecté mensuellement Point rouge, échantillon d’eaux usées positif pour le type de poliovirus sauvage Diamant vert, cas clinique de poliomyélite détecté dans le district respectif Le graphique du sous-ensemble montre le nombre d’échantillons positifs par site ENV x l’axe indique les sites de collecte ENV et le nombre d’échantillons positifs sont indiqués sur l’axe y Les noms des districts avec des sites de collecte d’échantillons d’eaux usées actifs sont indiqués par: Lahore; K, Karachi; P, Peshawar; R, Rawalpindi; Q, Quetta; M, Multan; F, Faisalabad; H, Hyderabad; Kb, Killa Abdullah; Moi, Islamabad; J, Jacobabad; S, Sukkur Ce chiffre est disponible en noir et blanc imprimé et en couleur sur Clinical Infectious Disease en ligneFigure Voir grandTélécharger slideGraphicographique du Pakistan montrant l’emplacement des villes avec surveillance environnementale active ENV en A et B où l’échantillon d’eaux usées est collecté sur une base mensuelle Le graphique du sous-ensemble montre le nombre d’échantillons positifs par site ENV. x L’axe indique les sites de collecte ENV et le nombre d’échantillons positifs sont indiqués sur l’axe des Noms. des districts avec des sites actifs de collecte des échantillons d’eaux usées sont donnés avec des codes à une seule lettre comme suit: L, Lahore; K, Karachi; P, Peshawar; R, Rawalpindi; Q, Quetta; M, Multan; F, Faisalabad; H, Hyderabad; Kb, Killa Abdullah; Moi, Islamabad; J, Jacobabad; S, Sukkur Ce chiffre est disponible en noir et blanc imprimé et en couleur à Clinical Infectious Disease en ligne

Circulation prolongée des lignées de PVS

La surveillance génomique basée sur les échantillons AFP et ENV collectés au Pakistan suggère que les lignées de PVS détectées dans les principaux réservoirs de Karachi, Quetta, Peshawar, Sukkur et Jacobabad ont survécu sur une période d’au moins des années. Figure A Peshawar, PVS du groupe B les lignées ont été constamment détectées à partir d’octobre PAK-ENVE jusqu’en janvier PAK-ENVE De même, les souches de PVS appartenant aux lignées du groupe D sont restées sans cesse actives à Karachi depuis janvier PAK-ENVE Karachi jusqu’à janvier PAK-ENVRD et PAK-ENVE Des échantillons prélevés dans le district de Quetta ont également révélé une circulation ininterrompue de la lignée du groupe C du PVS sur une période PAK-ENVE et PAK-ENVE

Figure Vue largeTélécharger la distribution d’échantillons d’eau d’égout positifs pour le type de poliovirus sauvage collectés dans différents districts du Pakistan de janvier à janvier Chaque graphique indique un autre groupe A-E Les districts sont représentés par un code couleur comme indiqué dans la légende. dans les régions endémiques des groupes A, B, C et D de Karachi, les groupes A, B et D de Peshawar et les groupes B, C et E de Quetta Cette figure est disponible en noir et blanc imprimé et en couleur sur Clinical Infectious Disease en ligne View largeTélécharger la diapositive Distribution mensuelle d’échantillons d’eaux usées positifs pour le type de poliovirus sauvage collectés dans différents districts du Pakistan de janvier à janvier Chaque graphique indique un groupe différent A-E Les districts sont représentés par un code couleur comme indiqué dans la légende. régions endémiques des grappes A, B, C et D de Karachi, grappes de Peshawar A, B et D, et grappes de Quetta B, C et E Cette figurine est disponible en noir et blanc en impression et couleur chez Clinical Infectious Disease en ligne

Souches du poliovirus orphelin

Des virus orphelins dont la source immédiate est inconnue définie par plus de% de variation nucléotidique par rapport aux souches précédemment rapportées ont été trouvés dans des échantillons prélevés dans diverses régions géographiques de toutes les provinces. Étonnamment, toutes ces souches orphelines ont été observées dans des échantillons environnementaux prélevés à Peshawar PAK -ENVE et PAK-ENVE, Rawalpindi PAK-ENVE et PAK-ENVE, Hyderabad PAK-ENVE, Jacobabad PAK-ENVE et PAK-ENVE, Sukkur PAK-ENVE, et Quetta PAK-ENVE dans et à partir de Lahore PAK-ENVE à Cependant, aucun cas de PFA n’a été détecté sur une période de ces régions

Lignées génétiques multiples dans les bassins hydrographiques ENV localisés

Nos analyses génétiques ont conduit à la reconnaissance de grappes et de lignées génétiquement distinctes dans les régions localisées de Jacobabad, Karachi, Sukkur, Peshawar et Quetta Figure Les souches de poliovirus sauvages trouvées dans les échantillons ENV recueillis à Karachi ont été classées en grappes distinctes A-D avec au moins % -% variation de nucléotides dans leur gène VP Dans un contexte similaire, l’analyse génétique a permis d’identifier l’existence de lignées de groupes A, B et D dans des échantillons ENV collectés à Peshawar pendant et après

Figure View largeTélécharger la carte géographique du Pakistan montrant la répartition des groupes génétiques de poliovirus sauvages détectés dans les eaux usées et les échantillons cliniques sont représentés par des cercles et des triangles. Chaque groupe génétique est représenté par un code de couleur différent. Ce chiffre est disponible en noir et blanc en imprimé et couleur à Clinical Infectious Disease en ligneFiguration géante du Pakistan montrant la distribution des clusters génétiques de type poliovirus sauvage détectés dans les eaux usées et les échantillons cliniques sont représentés par des cercles et des triangles, respectivement Chaque groupe génétique est représenté par un code de couleur différent Cette figure est disponible en noir et blanc en impression et couleur à Clinical Infectious Disease en ligne

DISCUSSION

Dans cette étude, nous avons analysé les profils génomiques et épidémiologiques de l’infection poliomyélitique au Pakistan – en utilisant les données surveillées régulièrement par la surveillance clinique et environnementale. La surveillance génétique nous a aidé à mieux comprendre l’origine, la propagation et la persistance de l’infection due aux souches de PVS. confirmé la présence de plusieurs zones réservoirs, à savoir Karachi, Peshawar et Quetta, où des souches de poliovirus avec des caractéristiques génétiques discrètes ont circulé ininterrompu pendant plus de ans Les modèles phylogénétiques des isolats de poliovirus analysés dans cette étude indiquent que les souches circulantes de type sauvage ne représentent pas un clade monophylétique au sein du génotype SOAS d’Asie du Sud; cependant, il existe toujours une diversité considérable de souches du PVS infectant les enfants dans des endroits géographiques disparates. Le regroupement génétique des souches du PVS indique clairement qu’il y a une propagation continue des lignées endémiques avec peu de changements dans leurs aires géographiques à Karachi et Peshawar; Cela souligne également la qualité des campagnes de vaccination pour réduire la charge de poliomyélite au Pakistan et justifie les enquêtes séro-épidémiologiques pour évaluer l’immunité de la population. Des campagnes réussies doivent encore être menées dans cette région. initié en, s’est avéré être un outil très utile pour intensifier la surveillance basée sur les cas au Pakistan et pour surveiller l’efficacité des activités de vaccination. La majorité des souches de poliovirus sauvages discutées ici ont été détectées dans des échantillons ENV; Ceci est similaire aux enquêtes épidémiologiques en Égypte, en Israël, au Nigeria, en Inde, aux Pays-Bas et en Finlande . En outre, parce que les résultats de notre étude soulignent l’existence de lignées de PVS sur une période de temps prolongée – avec une diversité génétique remarquable. Il est improbable que les origines dispersées des souches du PVS excluent la possibilité d’une expansion clonale d’une lignée particulière du PVS. Cela contraste avec la spéculation selon laquelle les PDI du Nord-Waziristan sont Par conséquent, il n’y a aucune indication de l’exportation du PVS de l’épidémie du Nord Waziristan dans les zones d’endémie puisque la chaîne de transmission du Waziristan Nord est restée très marginalisée et confinée dans le Waziristan Nord et ses districts adjacents tels que Tank et Bannu, où% des PDI ont été installés dans des camps temporaires dirigés par le gouvernement. soulignons le fait que l’épidémie de PVS dans le Waziristan du Nord n’a pas contribué à l’infection par le poliovirus dans les zones clés de Karachi, Quetta et Peshawar. Nos données montrent que la circulation persistante du virus dans ces régions est alimentée par la maintenance continue du PVS Parmi les populations indigènes non immunisées ou faiblement vaccinées, le changement limité de l’aire géographique des principaux groupes génétiques de type SOAS pendant – témoigne de l’intensification endémique des souches indigènes de PVS. Cela indique que ces zones de réservoir sont caractérisées par une forte densité d’hôtes sensibles, de sorte que le virus n’a pas à se déplacer très loin pour infecter de nouveaux hôtes Ainsi, l’idée que les personnes fuyant le Nord-Waziristan étaient responsables de la propagation du poliovirus dans de nouvelles zones semble injustifiée

CONCLUSION

Le scénario actuel indique que les principales zones de réservoir du PVS au Pakistan sont Peshawar, Karachi et Quetta, où l’endémicité de la polio est centrée depuis de nombreuses années. En outre, le risque de polio et d’épidémies en dehors de Les zones du Pendjab et du nord du Sindh sont élevées en raison de la forte mobilité de la population, de la faible couverture vaccinale de routine, du manque d’hygiène et de l’insécurité dans certaines zones. de souches du PVS détectées dans les régions centrales du Pendjab et du Sindh du Nord ont une parenté génétique avec les souches de PVS endémiques à Karachi et Peshawar, soutenant l’existence d’une importante cohorte non immunisée d’enfants dans le nord du Sind et le Pendjab central plusieurs introductions à différentes périodes de temps, comme indiqué précédemment Notamment, la preuve moléculaire forte Le présent rapport préconise que la dissémination du PVS par les personnes déplacées du Nord-Waziristan ne semble pas être un contributeur majeur de l’endémicité de la poliomyélite au Pakistan. Jusqu’à l’éradication de la polio, les pays endémiques menacent directement l’infection généralisée par le PVS. Le génotype du poliovirus du Pakistan Sukkur, province de Sindh en Chine et en Egypte témoigne de ce problème Bien que la surveillance de la PFA au Pakistan réponde globalement aux objectifs standard de l’Organisation mondiale de la santé et oriente avec succès les opérations de l’IMEP, notre analyse préconise En conclusion, sans progrès rapides, la transmission incontrôlée du PVS au Pakistan retardera l’éradication de la poliomyélite et, surtout, mettra en péril la réussite mondiale et les investissements réalisés à ce jour dans les communautés marginalisées. avec inadéquat En outre, les interventions scientifiques établies telles que les enquêtes sérologiques sur l’immunité des populations et l’introduction du vaccin antipoliomyélitique inactivé contribueront essentiellement à atteindre les objectifs d’éradication au Pakistan et en Afghanistan.

Remarque

Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit signalé Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués